Volby procesoru anotací se konfigurují v dialogovém okně předvoleb Zpracování anotací. Určité volby jsou procesorům poskytovány automaticky prostřednictvím rozhraní API Java 5 pro zrcadlení. Zadání těchto voleb v dialogovém okně předvoleb Zpracování anotací je bez účinku, protože automaticky poskytnuté hodnoty potlačují hodnoty zadané na tomto místě. Jde o tyto volby automatického zpracování:
RECONCILE, BUILD nebo OTHER v závislosti na skutečnosti, zda byl procesor volán během editace, sestavení nebo mimo kontext kompilace. Tato volba je k dispozici pouze při použití integrovaného vývojového prostředí (IDE) Eclipse.
S výjimkou phase neexistují žádné volby poskytované automaticky pro procesory prostřednictvím rozhraní API pro zpracování anotací Java 6, protože metody JavaFileManager poskytují stejné funkce.