Opcje procesora adnotacji są konfigurowane w oknie dialogowym preferencji Przetwarzanie adnotacji. Niektóre opcje są udostępniane procesorom automatycznie przez interfejs API Java 5 Mirror. Wpisanie ich w oknie dialogowym preferencji Przetwarzanie adnotacji nie będzie miało skutku, ponieważ zostaną one przesłonięte przez automatycznie udostępnione wartości. Opcje automatyczne obejmują m.in. następujące:
RECONCILE, BUILD albo OTHER, w zależności od tego, czy procesor został wywołany podczas edycji, budowania, czy też poza kontekstem kompilacji. Opcja ta jest dostępna tylko podczas wykonywania w środowisku Eclipse IDE.
Oprócz opcji fazy (phase) nie ma opcji automatycznie podawanych do procesorów za pomocą interfejsu API do przetwarzania adnotacji Java 6. Wynika to z faktu, że te same funkcje realizują metody JavaFileManager.