Procesory adnotacji to programy narzędziowe, które mogą generować dodatkowy kod Java lub inne pliki, a także znaczniki problemów oparte na adnotacjach Java 5 (JSR-175). Procesory mogą opierać się na interfejsach API Java 5 Mirror albo interfejsach API do przetwarzania adnotacji Java 6. Panel preferencji Przetwarzanie adnotacji umożliwia konfigurowanie preferencji, które będą obowiązywały dla wszystkich procesorów w projekcie lub obszarze roboczym. W okienku preferencji Ścieżka fabryki jest określone, które procesory są włączone i można skonfigurować poszczególne procesory.
Przetwarzanie automatyczne jest domyślnie wyłączone i musi zostać włączone przez zaznaczenie tego pola wyboru dla każdego projektu, który tego wymaga. Włączenie przetwarzania adnotacji w projekcie jest niezbędne tylko po to, aby procesory adnotacji operowały na kodzie tego projektu. Sama obecność adnotacji w kodzie nie oznacza, że ich przetwarzanie jest wymagane, np. adnotacje @Deprecated i @Override zazwyczaj nie wymagają przetwarzania.
Jeśli ta opcja jest włączona, procesory będą uruchamiane przy każdym wprowadzaniu zmian w edytorze Java oraz przy każdym budowaniu projektu. Włączenie uruchamiania procesorów w edytorze umożliwia im podawanie błędów i ostrzeżeń podczas wpisywania Na przykład procesory mogą podkreślić czerwoną falką złą wartość adnotacji, wskazując problem semantyczny, którego sam kompilator nie będzie w stanie wykryć. Jednak niektóre procesory adnotacji są zbyt wolne i uruchomienie ich w edytorze koliduje z jego łatwością używania. W takiej sytuacji wyłączenie tej opcji może poprawić wydajność edytora. Procesory będą nadal uruchamiane przy każdym budowaniu projektu. Ta opcja nie dotyczy procesorów adnotacji Java 6, które środowisko Eclipse może uruchamiać (jak dotąd) jedynie podczas budowania.
Pliki będą generowane na dysku względnie do określonego katalogu. Katalog ten domyślnie nazywa się ".apt_generated". Jako że na początku jego nazwy znajduje się znak '.', jest automatycznie odfiltrowywany w widoku Eksplorator pakietów. W wygenerowanych plikach jest ustawiony bit "pochodny"; podczas czyszczenia projektu wszystkie pochodne pliki w katalogu wygenerowanych plików źródłowych zostaną usunięte. Zaleca się, aby w tym katalogu były przechowywane tylko pliki wygenerowane przez procesory i nie umieszczać w nim ręcznie utworzonych plików oraz nie używać wcześniej istniejącego katalogu jako wygenerowanego katalogu źródłowego.
Wpisywane tu opcje będą dostępne za pośrednictwem interfejsu AnnotationProcessorEnvironment (procesory Java 5) lub interfejsu ProcessingEnvironment (procesory Java 6). Niektóre opcje są udostępniane procesorom Java 5 automatycznie. Wpisanie ich w oknie dialogowym preferencji Przetwarzanie adnotacji nie będzie miało skutku, ponieważ zostaną one przesłonięte przez automatycznie udostępnione wartości. Opcje automatyczne są opisane tutaj. Więcej informacji o opcjach procesora znajduje się w temacie okno dialogowe wprowadzania opcji procesora.