Okno dialogowe wprowadzania opcji procesora jest dostępne z panelu preferencji Przetwarzanie adnotacji. Umożliwia dodawanie i modyfikowanie opcji procesora.
Wpisane tutaj opcje będą podawane do procesorów korzystających z interfejsów API Java 5 Mirror za pośrednictwem interfejsu AnnotationProcessorEnvironment, natomiast do procesorów korzystających z interfejsów API do przetwarzania adnotacji Java 6 - za pośrednictwem interfejsu ProcessingEnvironment. Dla zachowania zgodności w przypadku procesorów Java 5, każda opcja będzie prezentowana w dwóch formach: jako para klucz/wartość i jako klucz złożony odpowiadający formie wiersza komend, mianowicie "-Aklucz=wartość". Opcja z kluczem "foo" i wartością "bar" byłaby prezentowana zarówno w ten sposób, jak i jako klucz "-Afoo=bar", wartość null. W przypadku procesorów Java 6 opcje będą prezentowane po prostu w formie odwzorowań pary klucz-wartość, bez parametru -A i bez połączonej formy -Aklucz=wartość.
Wartości opcji reprezentujące ścieżki mogą zaczynać się od leksemu ograniczone znakiem procenta, jak np. %FOO%/.
Jeśli leksem jest nazwą zmiennej ścieżki klasy, zostanie zastąpiony przez bieżącą wartość zmiennej w czasie wykonywania procesora. Wartość specjalna ROOT jest rozwinięciem ścieżki bezwzględnej obszaru roboczego. Na przykład wartość %ROOT%/foo/bar.xml można rozwinąć jako d:/my_workspace/foo/bar.xml, a %JRE_LIB%/rt.jar można rozwinąć jako c:/jdk1.5.0/lib/rt.jar. Analogicznie, wartość specjalna PROJECT.DIR jest rozwinięciem ścieżki bezwzględnej bieżącego projektu.
Niektóre opcje są udostępniane automatycznie przez procesory; wpisanie ich w tym oknie dialogowym nie będzie miało skutku, ponieważ zostaną one przesłonięte przez automatycznie udostępnione wartości. Opcje automatyczne są opisane tutaj.