Indstillinger for annotationsprocessorer konfigureres i dialogboksen Indstillinger for behandling af Java-annotationer. Visse indstillinger angives automatisk til processorer, når Java 5 Mirror API anvendes. Det har ingen virkning at indstille dem i dialogboksen Indstillinger for behandling af Java-annotationer, da eventuelle værdier her tilsidesættes af de automatisk angivne værdier. De automatiske indstillinger omfatter følgende:
RECONCILE, BUILD eller OTHER, afhængigt af om
processoren er startet henholdsvis under redigering, under bygning eller uden for
kompileringssammenhængen. Denne indstilling stilles kun til rådighed, når programudførelsen
foregår i Eclipse IDE.
Bortset fra phase stilles der ikke automatisk nogen indstillinger til rådighed
for processorer, der anvender annotationsbehandlings-API'et i Java 6, fordi
JavaFileManager-metoderne
rummer samme funktionalitet.