Η ενέργεια Εκκαθάρισης μπορεί να εκτελεστεί σε ένα μοναδικό αρχείο Java, ένα πακέτο Java, ένα έργο Java ή σε πολλαπλά έργα επιλέγοντας τα στοιχεία Java και εκτελώντας την επιλογή Πρωτογενής κώδικας > Εκκαθάριση...
Η ενέργεια Εκκαθάριση επιτρέπει να επιβάλλεται ένα πρότυπο στυλ κώδικα σε πολλαπλά αρχεία ή σε ολόκληρο έργο. Επιτρέπει επίσης την εφαρμογή ταχέων επιδιορθώσεων σε ομάδες για την αφαίρεση προειδοποιήσεων, πιθανών προβλημάτων στον προγραμματισμό και περιττό ή μη χρησιμοποιούμενο μέρος κώδικα.
Οι ρυθμίσεις εκκαθάρισης αποθηκεύονται στα προφίλ Εκκαθάριση. Κάθε έργο μπορεί να καθορίσει το προεπιλεγμένο προφίλ προς εφαρμογή όταν κληθεί η Εκκαθάριση σε ένα από τα αρχεία του. Εάν ένα έργο δε καθορίσει προφίλ, χρησιμοποιείται το προεπιλεγμένο προφίλ του χώρου εργασίας.