Huomautuskäsittelijöiden asetukset määritetään Huomautuskäsittelyn oletusasetukset -valintaikkunassa. Tietyt asetukset toimitetaan automaattisesti käsittelijöille Java 5:n kahdennetun ohjelmointirajapinnan kautta. Niiden syötöllä huomautuskäsittelyn oletusasetusten valintaikkunaan ei ole vaikutusta, sillä automaattisesti toimitetut arvot ohittavat oletusasetuksissa mahdollisesti määritetyt arvot. Automaattiset asetuksiin kuuluvat seuraavat asetukset:
RECONCILE, BUILD tai OTHER sen mukaan,
onko käsittelijää kutsuttu muokkauksen aikana, koonnin aikana tai kääntämisen ulkopuolella. Tätä asetusta käytetään vain ajettaessa Eclipsen IDE-ympäristössä.
Pois lukien phase-asetus, käsittelijöille ei välitetä automaattisesti asetuksia käytettäessä Java 6:n huomautuskäsittelyn ohjelmointirajapintoja, koska JavaFileManager-metodit sisältävät samat toiminnot.