Huomautuskäsittelijät voivat luoda lisää Java-koodia tai muita tiedostoja ja tuottaa häiriömerkintöjä, jotka perustuvat Java 5 (JSR-175) -huomautuksiin. Käsittelijät voivat perustua joko Java 5:n kahdennettuihin ohjelmointirajapintoihin tai Java 6:n huomautuskäsittelyn ohjelmointirajapintoihin. Huomautuskäsittelyn oletusasetusruudussa voi määrittää kokoonpanon oletusasetuksille, jotka koskevat kaikkia työtilan tai projektin käsittelijöitä. Factory-polun oletusasetusruutu määrittää, mitkä käsittelijät ovat käytössä, ja sen avulla voi määrittää yksittäisten käsittelijöiden kokoonpanoja.
Huomautuskäsittely on oletusarvoisesti poissa käytöstä, ja se on otettava käyttöön valitsemalla tämä valintaruutu jokaisen sitä tarvitsevan projektin osalta. Huomautuskäsittely on otettava käyttöön projektissa vain, kun huomautuskäsittelijöiden on käsiteltävä kyseisen projektin koodia. Se, että koodissa on huomautuksia, ei vielä tarkoita, että huomautuskäsittely on pakollinen; esimerkiksi @Deprecated ja @Override -huomautukset eivät tavallisesti vaadi käsittelyä.
Kun tämä vaihtoehto on käytössä, järjestelmä ajaa käsittelijät aina, kun Java-muokkausohjelmassa tehdään muutoksia tai kun projekti kootaan. Kun käsittelijät ajetaan muokkausohjelmassa, ne voivat luoda virheilmoituksia ja varoituksia kirjoitettaessa. Käsittelijät voivat esimerkiksi merkitä punaisilla aaltoviivoilla virheelliset huomautusten arvot ja merkitä näin semanttisia ongelmia, joita pelkkä kääntäjä ei pysty havaitsemaan. Jotkin huomautusten käsittelijät ovat kuitenkin niin hitaita, että niiden ajo muokkausohjelmassa heikentää muokkausohjelman käytettävyyttä. Tässä tilanteessa tämän vaihtoehdon poistaminen käytöstä voi parantaa muokkausohjelman suorituskykyä. Järjestelmä ajaa käsittelijät tällöin aina, kun projekti kootaan. Tämä vaihtoehto ei koske Java 6:n huomautuskäsittelijöitä, joita toistaiseksi voidaan ajaa Eclipsessä vain koonnin aikana.
Tiedostot luodaan levylle määritettyyn hakemistoon nähden suhteelliseen sijaintiin. Tämän hakemiston oletusnimi on ".apt_generated". Koska se alkaa '.'-merkillä, se suodatetaan pois pakettien selausnäkymästä. Luotuihin tiedostoihin on määritetty "johdettu" bitti. Puhdistuksessa kaikki luodun lähdehakemiston alla olevat johdetut tiedostot poistetaan. On suositeltavaa käyttää kyseistä hakemistoa vain käsittelijöiden luomille tiedostoille. Älä sijoita manuaalisesti luotuja tiedostoja tämän hakemiston alle tai käytä olemassa olevaa hakemistoa luotuna lähdehakemistona.
Tässä annetut asetukset ovat käytettävissä AnnotationProcessorEnvironment-rajapinnan kautta (Java 5:n käsittelijät) tai ProcessingEnvironment-rajapinnan kautta (Java 6:n käsittelijät). Tietyt asetukset toimitetaan automaattisesti Java 5:n käsittelijöille. Niiden syötöllä tähän valintaikkunaan ei ole vaikutusta, sillä automaattisesti toimitetut arvot ohittavat tässä mahdollisesti määritetyt arvot. Kuvaus automaattisista asetuksista on täällä. Lisätietoja käsittelijän asetuksista on käsittelijän asetusten syötön valintaikkunaa koskevassa ohjeaiheessa.