Käsittelijän asetuksen syöttöikkunaan pääsee Huomautuskäsittelyn oletusasetusruudusta. Ikkunassa voi lisätä tai muuttaa käsittelijän asetuksia.
Tässä määritetyt asetukset välitetään Java 5:n kahdennettuja ohjelmointirajapintoja käyttäville käsittelijöille AnnotationProcessorEnvironment-rajapinnan kautta ja Java 6:n huomautuskäsittelyn ohjelmointirajapintoja käyttäville käsittelijöille ProcessingEnvironment-rajapinnan kautta. Jotta yhdenmukaisuus muiden tämän ohjelmointirajapinnan toteutusten kanssa säilyisi, Java 5:n käsittelijöitä käytettäessä jokainen asetus esitetään kahdessa muodossa: avain-arvo-parina ja yhdistettynä avaimena, joka vastaa asetuksen komentorivimuotoa "-Akey=value". Esimerkiksi asetus, jonka avain on "foo" ja jonka arvo on "bar" esitettäisiin sekä edellisen kaltaisena avain-arvo-parina että avaimena "-Afoo=bar", jonka arvo on tyhjä. Java 6:n käsittelijöitä käytettäessä asetukset ilmoitetaan yksinkertaisesti avain-arvo-pareina ilman määritettä -A ja ilman yhdistettyä muotoa -Akey=value.
Polkuja kuvaavat asetusten arvot voivat alkaa prosenttimerkein rajatuilla sanakkeilla, kuten %FOO%/.
Jos sanake on luokkapolkumuuttujan nimi, se korvataan arvolla, joka muuttujalla on käsittelijän suorituksen aikaan. Erityisarvo ROOT laajentuu työtilan tarkkaan polkuun. Esimerkiksi %ROOT%/foo/bar.xml saattaa laajentua muotoon d:/my_workspace/foo/bar.xml ja %JRE_LIB%/rt.jar saattaa laajentua muotoon c:/jdk1.5.0/lib/rt.jar. Vastaavasti erityisarvo PROJECT.DIR laajentuu nykyisen projektin tarkkaan polkuun.
Tietyt asetukset toimitetaan automaattisesti käsittelijöille. Niiden syötöllä tähän valintaikkunaan ei ole vaikutusta, sillä automaattisesti toimitetut arvot ohittavat tässä mahdollisesti määritetyt arvot. Kuvaus automaattisista asetuksista on täällä.