Voit kohdistaa puhdistustoiminnon yksittäiseen Java-tiedostoon, Java-pakettiin tai Java-projektiin tai useaan projektiin valitsemalla Java-elementit ja valitsemalla vaihtoehdot Lähde > Puhdista...
Puhdistustoiminnolla voi mukauttaa usean tiedoston tai koko projektin tiettyyn koodin tyylistandardiin. Sen avulla voi myös tehdä eräajossa pikakorjauksia, joilla voi poistaa varoituksia, mahdollisia ohjelmointihäiriöitä ja tarpeetonta tai käyttämätöntä koodia.
Puhdistusasetukset tallennetaan Puhdistusprofiilit-kansioon. Kukin projekti määrittää käytettävän oletusprofiilin, kun Puhdista-toimintoa kutsutaan yhdelle sen tiedostoista. Jos projekti ei määritä profiilia, käytetään työtilan oletusprofiilia.