Alternativer for annotasjonsbehandling konfigureres i dialogboksen Preferanser for annotasjonsbehandling. Noen alternativer blir automatisk tilgjengelige for behandlere som bruker Java 5-speil-APIen. Det har ingen effekt å legge dem inn i denne dialogboksen, siden de automatisk oppgitte verdiene overstyrer eventuelle verdier som er oppgitt der. De automatiske alternativene omfatter:
RECONCILE, BUILD eller OTHER, avhengig av om behandleren kalles opp under
redigering, under bygging eller utenom kompilering.
Dette alternativet er tilgjengelig vare ved kjøring i Eclipse IDE.
Unntatt for phase er det ingen automatisk tilgjengelige alternativer for behandlere som bruker
API for Java 6-annotasjonsbehandling, for JavaFileManager-metodene har samme funksjonalitet.