As opções do processador de anotações estão configuradas no diálogo de preferência Processamento de Anotação. Algumas opções são facultadas automaticamente para processadores que utilizem a API Java 5 Mirror; a sua introdução na caixa de diálogo de preferências de Processamento de anotação não produzirá qualquer efeito pois os valores facultados automaticamente irão sobrepor os valores aí definidos. As opções automáticas incluem o seguinte:
RECONCILE, BUILD, ou OTHER, dependendo se o processador foi chamado durante a edição, construção ou fora do contexto de compilação. Esta opção só é facultada quando a execução for no IDE de Eclipse.
Com excepção de fase, não há opções facultadas automaticamente para processadores que utilizem a API de processamento de anotação Java 6, porque os métodos JavaFileManager facultam a mesma funcionalidade.