Пример

public static void main( String[] args ) {
System.out.println( Runtime.getRuntime().totalMemory() );
int[] values = new int[ args.length ];
for ( int i = 0; i < values.length; i++ ) {
values[ i ] = Integer.parseInt( args[ i ] );
}
System.out.println( Runtime.getRuntime().totalMemory() );
}

Решение
Удалите Runtime.totalMemory(); воспользуйтесь утилитой профилирования.

public static void main( String[] args ) {
int[] values = new int[ args.length ];
for ( int i = 0; i < values.length; i++ ) {
values[ i ] = Integer.parseInt( args[ i ] );
}
}