Exemplo

public static final Boolean lock = Boolean.TRUE;

public static void main( String[] args ) {
Runnable runnable = new Runnable() {
public void run() {
synchronized (lock){
while ( true ) {
System.out.println( "Hello World!" ); //$NON-NLS-1$
try { wait( 1000 ); } catch (InterruptedException e) {}
}
}
}
};
Thread thread = new Thread( runnable );
thread.start();
try { Thread.sleep( 3000 ); } catch (InterruptedException e) {}
thread.stop();
}

Solução

A seguir encontra-se o extracto do Java doc (copyright by Sun Microsystems)
Utilizações várias da paragem devem ser substituídas pelo código que modifica simplesmente algumas variáveis para indicar que o módulo de destino deve parar a sua execução.
O módulo de destino deve verificar esta variável regularmente, e regressar do método de execução de forma ordenada, se a variável indicar que deverá parar a execução. Se o módulo de destino esperar durante longos períodos (numa variável condition, por exemplo), deve utilizar-se o método de interrupção para interromper o período de espera.
Utilizar StopSafeRunnable fornecido.

public static abstract class StopSafeRunnable implements Runnable {
public final void run() {
while ( !stopped ) {
doRun();
}
}
public void stop() {
stopped = true;
}
public boolean isStopped() {
return stopped;
}
protected abstract void doRun();

private boolean stopped = false;
}

public static void main(String[] args) {
StopSafeRunnable runnable = new StopSafeRunnable() {
public void doRun() {
System.out.println( "Hello World" ); //$NON-NLS-1$
try { Thread.sleep( 1000 ); } catch (InterruptedException e) {}
}
};
Thread thread = new Thread( runnable );
thread.start();
try { Thread.sleep( 3000 ); } catch (InterruptedException e) {}
runnable.stop();
}