Ejemplo

public static void main( String[] args ) {
if ( args.length > 3 ) {
System.out.println( "Más de 3" ); //$NON-NLS-1$
if ( args[ 0 ].startsWith( "a" ) ) { //$NON-NLS-1$
System.out.println( "Empieza por a" ); //$NON-NLS-1$
if ( args[ 1 ].endsWith( "z" ) ) { //$NON-NLS-1$
System.out.println( "Termina por z"); //$NON-NLS-1$
}
}
}
}

Solución
Invierta la condición y añada una sentencia return.
La solución siguiente la trata Martin Fowler en Refactorización.
  1. Invierta la condición de la sentencia if más externa.
  2. Añada una sentencia return bajo la sentencia if.
  3. Repita estos pasos hasta que no haya más sentencias if profundamente anidadas.

public static void main( String[] args ) {
if ( args.length <= 3 ) {
return ;
}

System.out.println( "Más de 3" ); //$NON-NLS-1$

if ( !args[ 0 ].startsWith( "a" ) ) { //$NON-NLS-1$
return ;
}

System.out.println( "Empieza por a" ); //$NON-NLS-1$

if ( args[ 1 ].endsWith( "z" ) ) { //$NON-NLS-1$
System.out.println( "Termina por z"); //$NON-NLS-1$
}

}