Ao depurar um script Jython, é possível configurar pontos de interrupção de linha. Os pontos de interrupção são salvos no encerramento de uma sessão de depuração.
Quando o ambiente de trabalho está executando o script e encontra um ponto de interrupção, a execução do script é parada temporariamente. A execução é suspensa no ponto de interrupção antes da execução do script e, neste ponto, você pode verificar o conteúdo de variáveis. Você pode então ultrapassar (executar) e ver o efeito da instrução no script.
Com o depurador, a definição de pontos de interrupção é facilmente executada por meio de menus pop-up no editor. Após a configuração, é possível desativar os pontos de interrupção para que eles não suspendam a execução e, posteriormente, sejam ativados novamente.